Ved reformationen forsvandt helligkilderne, ligesom andre overnaturlige fænomener.Den verdslige historieskrivning anser helligkilder for et hedensk fænomen, som blev kristnet under den katolske kirke ved at man knyttede helgener til kilderne.Men i nogle tilfælde blev kilderne først opdaget i kristen tid. Og der er mange beretninger om, at der faktisk skete helbredelser i forbindelse med disse kilder.
Ved den lutherske reformation blev troen på det overnaturlige ofte smidt ud sammen med den katolske kirke.
Men det fremgår af Johannes evangeliet kap. 5 i Ny Testamente, at der jævnligt skete helbredelser ved Betesda dam ved Fåreporten i Jerusalem.
I den lå der en mængde syge, blinde, lamme og krøblinge, som ventede på, at der skulle komme bevægelse i vandet.
Til tider fór Herrens engel nemlig ned i dammen og bragte vandet i oprør. Den første, der kom ned i vandet, efter at det var bragt i oprør, blev rask, hvilken sygdom han end led af, fortæller apostlen Johannes. Han sætter ikke spørgsmål ved, at det virkelig skete. Men han fortsætter med at fortælle, at en mand havde ventet i 38 år på, at det blev hans tur. Jesus helbreder manden på stedet og siger: »Rejs dig, tag din båre og gå!«
Allerede i det 4. århundrede opsøgte nonnen Egeria og andre pilgrimme en kilde i nærheden af Mt. Nebo. (Moses slog på klippen, og en kilde brød frem, da folket tørstede i ørkenen.) 2. Mos.17.
I Skt. Athanasius bog Life of St Antony, skrevet ca. 356-62, nævnes en kilde i ørkenen, som eneboer-munken Antonius skulle have opdaget på samme måde som Moses – ved et mirakel.
Denne beretning kan være grundlaget for, at man søgte efter hellige kilder andre steder.
I middelalderen var der hundredvis af hellige kilder i Europa. Men ved reformationen (1536 i Danmark) blev de kastet til eller glemt. Og folket blev opfordret til ikke at opsøge dem.
I den rationalistiske tid havde helligkilderne kun arkæologisk interesse i Nordeuropa, mens man i det katolske sydeuropa stadig opsøgte kilderne. Både på seriøse pilgrimsrejser og som mere overfladisk turisme.
I nyere tid er ny-hedenske grupper igen begyndt at dyrke kilderne, som de mener, de kristne havde stjålet fra gamle religioner. Også indenfor new age-miljøer er der tro på helligkilder.
Med den nye åndelighed indenfor de protestantiske kirker er der også opstået ny interesse for helligkilder i forbindelse med retræter og pilgrimsvandringer.
Mange gamle kilder er forsvundet på grund af landbrug og dræning. For nylig blev Skt Birgittas Kilde ved Rosepark i nærheden af Dublin ødelagt og vanhelliget af byggeri, selv om den var fredet. Og det samme skete med en hellig brønd, da M3-motorvejen blev anlagt i Tara-Skryne Valley, Irland.
Skal man så tillægge helligkilder betydning? Det bibelske princip er, at vi ikke skal dyrke det skabte, men Skaberen. Helligkilder er ligesom salveklude kun kontaktpunkter for troen. De kan ligesom nadveren hjælpe nogen til at tage imod i tro ved at forbinde troen med noget konkret. Men hvis fokus flyttes fra Gud og Jesus Kristus til et vandløb, risikerer man at troen udvandes.